Trong bối cảnh nền kinh tế số và những thay đổi không ngừng của pháp luật thuế, việc nắm rõ các quy định về thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) là yếu tố then chốt giúp các đơn vị kinh doanh vận tải hoạt động hiệu quả và tuân thủ pháp luật. Đặc biệt, Theo dự thảo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 (dự kiến có hiệu lực từ 01/10/2025), cách tính thuế TNDN cho doanh thu từ dịch vụ vận tải sẽ có nhiều điểm mới đáng chú ý, mang lại những cơ hội và thách thức nhất định.
Trong bài viết này, Thuận Thiên sẽ cùng các bạn tìm hiểu chi tiết về những cập nhật quan trọng này, từ mức thuế tndn dịch vụ vận tải, phương pháp tính thuế cho đến các khoản chi phí được trừ và những lưu ý đặc biệt, giúp bạn tối ưu hóa nghĩa vụ thuế của mình.
Căn cứ pháp lý:
- Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12 và các văn bản sửa đổi, bổ sung hiện hành
- Nghị định số 180/2024/NĐ-CP về giảm thuế GTGT
- Nghị định số 70/2025/NĐ-CP về hóa đơn điện tử
- Thông tư 40/2021/TT-BTC hướng dẫn thuế GTGT, thuế TNCN đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh.
I. Giới thiệu chung về thuế thu nhập doanh nghiệp trong lĩnh vực vận tải
Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với dịch vụ vận tải là một sắc thuế thiết yếu mà các doanh nghiệp kinh doanh vận tải hàng hóa và hành khách phải nộp cho Nhà nước. Với mục tiêu thúc đẩy sự phát triển của ngành và tạo điều kiện thuận lợi cho các doanh nghiệp, Dự thảo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 (dự kiến có hiệu lực từ 01/10/2025) đề xuất nhiều thay đổi trong cách tính thuế TNDN, đặc biệt là các mức thuế suất theo quy mô doanh thu, hứa hẹn nhiều ưu đãi hơn cho ngành vận tải.
II. Mức thuế suất thuế TNDN áp dụng cho dịch vụ vận tải từ 01/10/2025
1. Thuế suất theo quy mô doanh thu
Theo Điều 10 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, các doanh nghiệp kinh doanh dịch vụ vận tải sẽ áp dụng mức thuế suất theo quy mô doanh thu như sau:
- Thuế suất 15%: Áp dụng cho doanh nghiệp có tổng doanh thu năm không quá 3 tỷ đồng.
- Thuế suất 17%: Áp dụng cho doanh nghiệp có tổng doanh thu năm từ trên 3 tỷ đồng đến không quá 50 tỷ đồng.
- Thuế suất 20%: Đây là mức thuế suất phổ thông, áp dụng cho doanh nghiệp có tổng doanh thu năm trên 50 tỷ đồng.
Doanh thu làm căn cứ xác định thuế suất là tổng doanh thu của kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp trước liền kề.
Lưu ý:Các mức thuế suất theo quy mô doanh thu trên đây là đề xuất trong dự thảo Luật Thuế TNDN 2025 và chưa có hiệu lực pháp lý. Hiện nay, mức thuế suất TNDN phổ biến vẫn là 20% áp dụng cho doanh nghiệp dịch vụ vận tải.
2. Điều kiện áp dụng thuế suất ưu đãi
Doanh nghiệp chỉ được hưởng thuế suất ưu đãi 15% hoặc 17% khi không phải là công ty con hoặc công ty có quan hệ liên kết mà doanh nghiệp trong quan hệ liên kết không đủ điều kiện áp dụng thuế suất ưu đãi.
III. Phương pháp tính thuế TNDN cho dịch vụ vận tải
1. Công thức tính thuế TNDN
Theo Điều 11 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, thuế TNDN được tính theo công thức:
Thuế TNDN phải nộp = Thu nhập tính thuế × Thuế suất
Trong đó:
- Thu nhập tính thuế = Thu nhập chịu thuế – Thu nhập được miễn thuế – Các khoản lỗ được kết chuyển
- Thu nhập chịu thuế = Doanh thu – Chi phí được trừ + Thu nhập khác
2. Xác định doanh thu tính thuế
- Đối với doanh nghiệp vận tải khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ: Doanh thu tính thuế TNDN là doanh thu chưa bao gồm thuế GTGT.
- Đối với doanh nghiệp vận tải khai thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp: Doanh thu tính thuế TNDN không bao gồm thuế GTGT.
Theo Điều 8, Nghị định 218/2013/NĐ-CP, doanh thu vận tải chịu thuế TNDN bao gồm:
- Toàn bộ tiền cung ứng dịch vụ vận tải hàng hóa, vận tải hành khách.
- Các khoản trợ giá, phụ thu, phụ trội không phân biệt đã thu hay chưa thu tiền.
- Doanh thu từ dịch vụ logistics, kho bãi, bốc xếp kèm theo.
Thời điểm xác định doanh thu: Đối với dịch vụ vận tải, thời điểm hoàn thành dịch vụ hoặc thời điểm lập hóa đơn dịch vụ theo quy định.
3. Phương pháp tính trực tiếp trên doanh thu
Phương pháp này áp dụng với doanh nghiệp có doanh thu dưới 1 tỷ đồng/năm, kê khai thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp. Tỷ lệ thuế TNDN là 2% trên doanh thu tính thuế.
Công thức: Thuế TNDN = Doanh thu tính thuế × 2%
Lưu ý: Phương pháp này áp dụng với hộ, cá nhân kinh doanh có doanh thu dưới 1 tỷ đồng/năm; doanh nghiệp vận tải không được áp dụng phương pháp này.
IV. Chi phí được trừ khi tính thuế TNDN cho doanh nghiệp vận tải
1. Điều kiện chi phí được trừ
Theo quy định tại Thông tư 96/2015/TT-BTC, chi phí được trừ khi tính thuế TNDN phải đáp ứng đủ các điều kiện sau:
- Khoản chi thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh vận tải của doanh nghiệp.
- Khoản chi có đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định.
- Khoản chi có hóa đơn từ 20 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
2. Các khoản chi phí cụ thể được trừ
- Chi phí nhiên liệu và vận hành: Bao gồm chi phí xăng dầu, khí đốt, chi phí sửa chữa, bảo dưỡng xe, và chi phí khấu hao phương tiện vận tải.
- Chi phí nhân sự: Gồm lương, phụ cấp tài xế và nhân viên, chi phí bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, và chi phí đào tạo nghiệp vụ vận tải.
- Chi phí dịch vụ: Như phí cầu đường, phí bến bãi, chi phí bảo hiểm xe, chi phí lắp đặt thiết bị giám sát hành trình.
- Chi phí công nghệ: Các khoản chi cho phần mềm quản lý vận tải, hệ thống GPS, v.v.

V. Ví dụ minh họa cách tính thuế TNDN
1. Ví dụ 1: Doanh nghiệp vận tải nhỏ
Công ty A kinh doanh vận tải hàng hóa năm 2025 có:
- Doanh thu: 2,5 tỷ đồng
- Chi phí được trừ: 2 tỷ đồng
- Thu nhập chịu thuế: 2,5 – 2 = 0,5 tỷ đồng
Cách tính:
- Thuế suất áp dụng: 15% (do doanh thu dưới 3 tỷ đồng)
- Thuế TNDN phải nộp: 0,5 tỷ × 15% = 75 triệu đồng
2. Ví dụ 2: Doanh nghiệp vận tải quy mô trung bình
Công ty B kinh doanh vận tải hành khách năm 2025 có:
- Doanh thu: 25 tỷ đồng
- Chi phí được trừ: 20 tỷ đồng
- Thu nhập chịu thuế: 25 – 20 = 5 tỷ đồng
Cách tính:
- Thuế suất áp dụng: 17% (do doanh thu từ 3 – 50 tỷ đồng)
- Thuế TNDN phải nộp: 5 tỷ × 17% = 850 triệu đồng
VI. Chính sách ưu đãi thuế GTGT và các lưu ý đặc biệt
1. Chính sách ưu đãi thuế GTGT cho doanh nghiệp vận tải
Theo Nghị định 15/2022/NĐ-CP và các quy định hiện hành, thuế suất GTGT đối với dịch vụ vận tải là 10%. Các chính sách giảm thuế GTGT dự kiến hoặc đang trình Quốc hội xem xét sẽ được cập nhật khi có hiệu lực.
2. Quy định về hóa đơn vận tải từ 01/6/2025
Một lưu ý quan trọng mà các bạn cần ghi nhớ là từ ngày 01/6/2025, hóa đơn dịch vụ vận tải phải thể hiện biển số xe của phương tiện vận tải và hành trình (điểm đi – điểm đến) theo quy định mới (Nghị định số 70/2025/NĐ-CP). Việc tuân thủ quy định này là rất quan trọng để đảm bảo tính hợp pháp của chi phí được trừ.
3. Tuân thủ quy định ngành
Doanh nghiệp vận tải cần đảm bảo tuân thủ các quy định chuyên ngành như:
- Xe phải đăng ký kinh doanh hợp pháp.
- Lắp đặt thiết bị giám sát hành trình đạt chuẩn.
- Tài xế có thẻ tập huấn nghiệp vụ vận tải.
VII. Phương pháp kế toán và quản lý thuế hiệu quả
1. Hệ thống kế toán
Doanh nghiệp vận tải cần thiết lập một hệ thống kế toán đầy đủ và minh bạch để:
- Theo dõi chi tiết doanh thu từng loại hình vận tải.
- Phân loại và ghi nhận chính xác các khoản chi phí.
- Đảm bảo có đủ chứng từ hợp pháp cho mọi giao dịch.
2. Lưu trữ chứng từ
Việc lưu trữ các loại chứng từ quan trọng là cực kỳ cần thiết:
- Hóa đơn mua xăng dầu, sửa chữa xe.
- Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cho các khoản chi từ 20 triệu đồng trở lên.
- Hợp đồng lao động và bảng lương chi tiết.
3. Kê khai và nộp thuế
Doanh nghiệp vận tải phải thực hiện:
- Khai thuế TNDN tạm tính theo quý, tổng số thuế tạm nộp 4 quý không thấp hơn 80% số thuế phải nộp theo quyết toán năm. Hạn nộp chậm nhất là ngày 30 của tháng đầu quý sau.
- Quyết toán thuế TNDN hàng năm chậm nhất ngày 31/3 năm sau. Hồ sơ quyết toán bao gồm Tờ khai quyết toán thuế TNDN (Mẫu 03/TNDN), Báo cáo tài chính đã được kiểm toán (nếu thuộc diện kiểm toán) và các tài liệu khác theo quy định.
Thủ tục điện tử: Thuận Thiên khuyến khích bạn sử dụng dịch vụ thuế điện tử để khai báo và nộp thuế, giúp tiết kiệm thời gian và chi phí.
VIII. Tóm tắt cách tính thuế TNDN dịch vụ vận tải
Hy vọng rằng với những thông tin chi tiết mà Thuận Thiên đã chia sẻ, quý doanh nghiệp và các bạn đã có cái nhìn rõ ràng hơn về những thay đổi trong cách tính thuế TNDN cho dịch vụ vận tải năm 2025.
Việc nắm bắt kịp thời và tuân thủ đúng các quy định mới sẽ giúp doanh nghiệp không chỉ tránh được các rủi ro về pháp lý mà còn tối ưu hóa chi phí, góp phần vào sự phát triển bền vững. Bạn cũng có thể tìm kiếm sự tư vấn từ các chuyên gia thuế để đảm bảo bạn luôn cập nhật những thông tin chính xác và áp dụng hiệu quả nhất.